15 июля 1929 года при образовании Вожегодского района в поселке Вожега Вологодского округа была образована районная больница. С 27 июля 1930 года именовалась как больница Вожегодского района Северного края. Больница располагалась в одном из купеческих домов на Транспортной улице. На втором этаже проводился амбулаторный прием больных, и был выделен кабинет для продажи медикаментов. На 1-ом этаже располагался приемный покой и 2 палаты - одна для рожениц на 5 коек, а вторая для неясных и инфекционных больных на 5 коек. Стационарное лечение больных проводилось в Троице-Енальской больнице (15 коек) Марьинского сельсовета и в Огибаловской больнице (15 коек) Огибаловского сельского совета.
   В медицинских учреждениях работали фельдшера: И.С. Макаров, Н.И. Торопов, А.Ф. Козырев до 1933 года врача не было. В 1934 году из Ленинграда приехал врач Петр Федорович Пчелко, который работал 2 года.
   5 декабря 1936 года образована Северная область, а 23 сентября 1937 года - Вологодская и Вожегодский район вошел в состав Вологодской области. В то же время был образован райздравотдел, вся отчетность по райбольнице и участковым больницам была сосредоточена там.
   В 1937 году в Вожегу приехала врач из Горького- Волкова Зоя Викторовна, которая работала до 1940 года. С 1941 по 1952 год работал врач Шварев С.Ф. В 1940 году приехал врач Шитиков с женой.
   Козырев Александр Федорович проработал в больнице 58 лет, руководил райздравотделом, заведовал больницей, замещал врача на приеме, обслуживал вызова.
   В 1940 году больница была переведена в новое здание по улице Советской: стационар на 26 коек и 2 кабинета приема - для взрослых и детей. В том же 1940 году открылись Явенгская и В-Кубенская участковые больницы и ФАПы: Мишутинский, Тигинский, Лукьяновский и ФАП в Жарах.
   В 1957 году проведена реорганизация здравоохранения в Вологодской области - райздравотделы упразднены и их функции были переданы райбольницам. В 1967 году в сентябре районная больница переименована в центральную районную больницу. В 1963 году открыто хирургическое и терапевтическое отделения, первый 2-х этажный корпус. В 1967 году открыт 2-ой 2-х-этажный корпус. В 1986 году открыта 2-х-этажная поликлиника.
   В 1994 году открыт 2-х этажный корпус административного здания и пищеблока.
   Решением Представительного собрания Вожегодского муниципального района от 25.11.05г. утвержден Отдел здравоохранения в структуре администрации Вожегодского муниципального района. Отдел функционировал с 17.04.06г.